その他の義務
経費区分変更制限交付決定後、当該年度の交付決定額の20%を超えて補助金額を減額しようとする場合、補助対象経費総額の20%を超えて減額又は20%を超えて経費配分を変更しようとする場合、補助目的自体が変更となる場合、又は補助事業を中止若しくは廃止しようとする場合は、事前に承認を得なければならない。
会計・証憑管理事業に係る経理について、その収支の事実を明確にした証拠書類を整理し、交付年度終了後5年間保存しなければならない。
資産処分制限取得財産のうち、税抜単価50万円以上の機械等の財産又は効用の増加した財産（処分制限財産）は、処分制限期間（耐用年数）内に取得財産を処分（補助金の交付の目的に反する使用、譲渡、廃棄、交換、貸し付け又は担保に供する）しようとするときは、事前にその承認を受けなければならない。
会計・証憑管理実績報告時には、直接人件費、旅費、その他支払いについて、所定の証拠書類（健康保険・厚生年金保険被保険者標準報酬決定通知書、賃金台帳、作業日報、出勤簿、支払証明書、見積書、発注書、納品書、請求書等）を提出する必要がある。
会計・証憑管理証拠資料等によって支払金額が確認できない経費は補助対象外。原則、振込による支払済の証拠書類が必要であり、特に相殺、手形決済は不可。
会計・証憑管理見積書→発注書→納品書→請求書→支払証明書の時系列においては原則、全て同年度内で完了する必要がある。
会計・証憑管理勤務日と支払日の両方が、同一年度の補助対象期間内である必要がある。
会計・証憑管理税抜単価50万円以上の物品の場合はその写真、取得財産等管理台帳の提出が必要。
会計・証憑管理材料・消耗品費については、消耗品使用簿（補助対象期間内に使い切ったことを確認できるもの）の提出が必要。
会計・証憑管理技術指導費については、技術指導契約書、見積書、社内規程等金額のわかるもの、指導報告書の提出が必要。
会計・証憑管理大学・公設試等共同研究費については、共同研究契約書等の提出が必要。
会計・証憑管理旅費については、旅費規程等、出張伺い・出張命令、旅費計算書、駅すぱあと等経路確認ができる書類、飛行機利用の場合は領収書及び搭乗券半券、出張報告書・復命書、出張精算書（振込控又は振込処理済通知書、当座勘定照合表等）の提出が必要。現金手渡しの場合は総勘定元帳（現金）の写しが必要。
会計・証憑管理直接人件費については、健康保険・厚生年金保険被保険者標準報酬決定通知書、賃金台帳等、就業規則、作業日報、出勤簿、支払証明書（振込控又は振込処理済通知書、当座勘定照合表等）、会社カレンダー、テレワーク就業規定（対象者がいる場合）の提出が必要。
会計・証憑管理税抜単価50万円以上の物品の購入については、原則2者の見積書若しくは選定理由書の提出が必要。
会計・証憑管理補助金の交付申請、実績報告、請求に関する書類作成に要する人件費は補助対象外。
