その他の義務
会計・証憑管理補助対象経費は、通常の事業取引等他の取引と区分して別途経理され、かつ、証拠書類によってその取引内容や金額等が明確に確認できなければならない。
会計・証憑管理補助事業の取引とそれ以外の取引が混在している見積書、発注書、納品書、請求書等は、補助事業と特定できる証拠書類とはならない。
会計・証憑管理支払いは、原則として補助事業者名義の口座振込とし、法人の場合、代表者及び役員等の個人名義の口座による決済は認められない。やむを得ず現金で支払う場合は、支払先から領収書を受領する必要がある。小切手・手形での支払いは、補助事業の期間内に振出・支払いがされるものに限り、回し手形（裏書譲渡された手形）の使用は不可。
会計・証憑管理旅費を計上する場合は、旅程、旅行内容の記録を作成する必要がある。
会計・証憑管理謝金を計上する場合は、専門家や弁理士等が関わった業務内容を具体的に明示し、その結果（日報、業務報告書等）を作成する必要がある。
会計・証憑管理人件費を計上する場合は、試作品等の改良等の内容を具体的に明示し、その結果（日報、業務報告書等）を作成する必要がある。
相見積もり取得単価50万円（税込）又は事業者が定めた内規等に拠り相見積を行うとする金額以上の案件については、必ず2者以上から見積をとることが必要。ただし、発注（委託）する事業内容の性質上困難な場合は、該当企業等を随意の契約先とすることができ、その場合、理由書が必要。
資産処分制限補助事業により取得し又は効用が増加した財産は、管理台帳を整備保管するとともに、取得年度及び補助金の名称を記載した標章（シール等）を貼付し、管理する必要がある。また、補助事業の終了後も善良なる管理者の注意をもって管理し、補助金交付の目的に従って効果的運用を図らなければならない。
資産処分制限補助事業により取得し又は効用が増加した財産であって、1件あたりの取得価格又は効用の増加価格が50万円以上のものは処分制限財産とし、「減価償却資産の耐用年数等に関する省令」に規定する期間又はそれに準ずる期間が経過する前に処分しようとするときは、事前に知事の承認を受けなければならない。また、補助金の交付を受けて取得した財産を担保に供することは認められない。
不正受給（助成金の場合：不正受給時の返還・加算金等）補助事業の実施中又は完了後に関わらず、不正又は虚偽による補助金の交付が判明した場合は、補助金交付決定を取り消し、支払った補助金を返還する必要がある。
経費区分変更制限交付決定後に申請内容を変更しようとする場合（軽微な変更を除く）には、補助金事業変更承認申請書（様式第4号）を提出し、承認を受ける必要がある。承認を受けた日以降でなければ、変更後の事業の実施（発注又は購入・契約等を含む。）はできない。軽微な変更とは、補助対象経費の合計額が20%未満減少する場合、又は区分ごとの補助対象経費が20%未満増加若しくは20%未満減少する場合をいう。
消費税の取扱い補助金交付申請額の算定段階において、消費税及び地方消費税額等仕入れ控除税額は、補助対象経費から除外して算出する必要がある（但し、免税事業者、簡易課税事業者、その他消費税法における納税義務者ではない者を除く）。
消費税の取扱い本補助金は、経理上、補助金の支払を受けた事業年度における収益として計上するものであり、法人税・所得税等の課税対象となる
