その他の義務
会計・証憑管理補助事業の経理について補助事業以外の経理と明確に区分した上、帳簿及びすべての証拠書類を整備し、常にその収支の状況を明らかにしておく義務（第11条第1項）。
会計・証憑管理帳簿及び証拠書類を補助事業の完了した日又は補助事業の中止若しくは廃止の承認があった日の属する年度の終了後5年間、事務局の要求があったときは、いつでも閲覧に供せるよう保存する義務（第11条第2項）。
資産処分制限取得財産等（補助対象経費により取得、又は効用の増加した財産）については、補助事業の完了後においても、善良な管理者の注意をもって管理し、補助金の交付の目的に従って、その効率的運用を図る義務（第27条第1項）。
資産処分制限取得財産等について、取得財産等管理台帳を備え、管理するとともに、当該年度に取得財産等があるときは、取得財産等管理明細表を実績報告書に添付して提出する義務（第27条第2項）。
資産処分制限取得財産等のうち、取得価格又は効用の増加価格が単価50万円以上の機械、器具及びその他の財産について、減価償却資産の耐用年数等に関する省令に定められた期間内に処分しようとするときは、あらかじめ事務局の承認を受ける義務（第28条第1項、第2項、第3項）。
消費税の取扱い補助事業完了後に、消費税及び地方消費税の申告により補助金に係る消費税等仕入控除税額が確定した場合には、消費税額及び地方消費税額の額の確定に伴う報告書を事務局に報告し、返還請求に応じる義務（第23条第1項、第2項）。
不正受給法令、本規程又は事務局の処分若しくは指示に違反した場合等、交付決定の取消し事由に該当する場合、既に交付された補助金の全部又は一部の返還を請求され、これに応じる義務（第24条第1項、第4項）。
不正受給交付決定の取消し（不正等による場合）に伴い、補助金の受領の日から納付の日までの日数に応じて年利10.95%の割合で計算した加算金を併せて納付する義務（第24条第5項）。
不正受給返還すべき補助金を納期日までに納付しなかった場合、納期日の翌日から納付の日までの日数に応じ、未納額につき年利10.95%の割合で計算した延滞金を納付する義務（第20条第6項、第24条第6項）。
経費区分変更制限補助対象経費の区分ごとに配分された額を変更しようとするときは、あらかじめ事務局の承認を受ける義務（ただし、各配分額のいずれか低い額の10%以内の範囲内で変更する場合を除く）（第14条第1項第2号）。
計画変更制限補助事業の内容を変更しようとするとき（軽微な変更を除く）、補助事業の全部又は一部を他に承継しようとするとき、補助事業の一部を中止又は廃止しようとするときは、あらかじめ事務局の承認を受ける義務（第14条第1項第1号、第3号、第4号）。
契約・委託制限補助事業を遂行するため売買、請負その他の契約をする場合は、一般の競争に付す義務（ただし、困難又は不適当な場合は指名競争又は随意契約可）（第12条第1項）。
契約・委託制限補助事業の一部を第三者に委託し、又は第三者と共同して実施しようとする場合は
