その他の義務
事業継続義務補助事業終了後も県内で引き続き1年以上事業を営む予定であること（第2条(1)）。
消費税の取扱い補助金に係る消費税仕入控除税額がある場合、実績報告時に減額して報告する義務（第14条第3項）。また、実績報告後、消費税仕入控除税額が確定した場合、その金額を報告し、理事長による返還命令を受けて返還する義務（第14条第4項）。
資産処分制限補助事業が取得した設備備品（1件当たり取得価格50万円以上）について、減価償却資産の耐用年数等に関する省令別表に定める期間内に処分（有償譲渡、無償譲渡、貸付、交換、目的外使用、取壊し、廃棄等）を行う場合、あらかじめ財産処分承認申請書を理事長に提出して承認を受けなければならず、場合によっては補助金の返還を求められる（第20条、第21条）。
会計・証憑管理補助事業の経費について、帳簿及びすべての証拠書類を備え、他の経理と明確に区分し、収入及び支出を明らかにした帳簿を備えるとともに、当該帳簿及び証拠書類を補助事業の完了（廃止の届出を行った場合を含む）の日の属する年度の終了後5年間保管しなければならない（第22条）。
経費区分変更制限補助対象経費の区分ごとに配分された額の一部または全部を変更しようとするときは、あらかじめ理事長の承認を受けなければならない。ただし、変更前の補助対象経費総額の20パーセント以内である流用増減は除く（第11条第1項第2号）。
計画変更・中止の届出補助事業の内容を変更しようとするときは、あらかじめ理事長の承認を受けなければならない（第11条第1項第1号）。事業を中止又は廃止しようとするとき、または補助要件を満たせなくなったときは、速やかに事業中止等届出書を理事長に提出しなければならない（第11条第2項）。
契約義務補助事業を遂行するため売買、請負その他の契約を行う場合は一般の競争に付さなければならない（第13条第1項）。補助事業の一部を第三者に委託し、又は第三者と共同して実施しようとする場合は、実施に関する契約を締結し、その写しを理事長に提出しなければならない（第13条第2項）。ただし、補助事業の中核的な開発要素を第三者に委託してはならない（第13条第2項ただし書）。
地位の継承補助事業者としての地位は、合併、譲渡、相続その他特別な理由がある場合に限り承継することができ、承継しようとする者はあらかじめ承継承認申請書を理事長に提出して承認を受けなければならない（第19条）。
事業成果の公表理事長は、必要に応じ補助事業者へ補助事業の成果の公表を求めることができる（第18条）。
不正受給不法行為、不正行為、公序良俗に反する行為、その他社会的信用を損なわせるような行為があると理事長が認める場合は採択を取り消すことができる（第7条第1項ただし書）。交付決定後であっても補助事業者の都合により記載された内容に大幅な変更があると認める場合は、交付決定を取り消すことができる（第12条）。交付決定を取り消した場合、既に補助金が交付されているときは、補助金の返還を命ずることができ、返還期限は命令日から20日以内、期限内に納付がない場合は年利3.0%の延滞金を徴する（第16条）。
